Do podstawowych zadań medyka sądowego należy przeprowadzenie sekcji sądowo lekarskiej.  Główne cele badania pośmiertnego to:

  • -Określenie czasu śmierci.
    -Określenie przyczyny śmierci.
    -Określenie współistniejących przewlekłych procesów chorobowych.
    -Bliższe określenie skutków urazów, co łączy się z próbą ustalenia narzędzia, które spowodowało obrażenia.
    -Ustalenie ewentualnego związku przyczynowo-skutkowego między urazem (lub sumą urazów) a śmiercią. Dotyczyć to może roli zespołu czynników które doprowadziły do śmierci.
    -Zebranie faktów, które przy analizie całego zajścia zdarzenia ułatwić mogą zrekonstruowanie poszczególnych faz zajścia (np. w przypadku pobicia lub potrącenia).
    -Zabezpieczenie śladów na odzieży i na zwłokach.
  • -Zabezpieczenie materiału do ewentualnych dalszych badań (histopatologicznych, toksykologicznych, hemogenetycznych).

Powyższa kolejność jest raczej przypadkowa, wszystkie elementy są bardzo ważne i pominięcie któregoś z nich może być bardzo brzemienne w skutki.

Zanim jednak dojdzie do sekcji, los zmarłego jest w rękach prokuratora. Gdyż jak mówią przepisy Kodeksu Postępowania Karnego:

"Art. 209 § 1. Jeżeli zachodzi podejrzenie przestępczego spowodowania śmierci, przeprowadza się oględziny i otwarcie zwłok.

§ 2. Oględziny zwłok dokonuje prokurator, a w postępowaniu sądowym sąd, z udziałem biegłego lekarza, w miarę możności z zakresu medycyny sądowej. W wypadkach nie cierpiących zwłoki oględzin dokonuje policja z obowiązkiem zawiadomienia prokuratora.

§ 3. Oględzin zwłok dokonuje się na miejscu ich znalezienia. Do czasu przybycia biegłego oraz prokuratora lub sądu przemieszczać lub poruszać zwłokami można tylko w razie konieczności.

§ 4. Otwarcia zwłok dokonuje biegły w obecności prokuratora albo sądu. (...)

§ 5. Do obecności przy oględzinach i otwarciu zwłok można, w razie potrzeby oprócz biegłego, wezwać lekarza, który ostatnio udzielił pomocy zmarłemu.(...)"

Trzeba podkreślić, iż w art 209 § 2 mowa jest o biegłym lekarzu, w miarę możliwości z zakresu medycyny sądowej. Jest to spowodowane faktem, że w Polsce jest nieco ponad 100 lekarzy ze specjalizacją z medycyny sądowej i niemożliwością byłoby aby przeprowadzali oni wszystkie sekcje sądowo-lekarskie.

Do Zakładu Medycyny Sądowej zwłoki są kierowane przez prokuraturę, sądy (ekshumacje), pogotowia, szpitale, przychodnie itp. Dyżurny prokurator, każdego dnia, zapoznaje się ze skierowaniami i po ewentualnej rozmowie z rodziną, podejmuje decyzję. Może odstąpić od wszelkich dalszych czynności, zarządzić oględziny zewnętrzne (rzadko) lub w końcu sekcję sądowo-lekarską, którą zarządza się w chwili gdy są niejasne okoliczności zgonu, podejrzenie udziału osób trzecich, podejrzenie urazowej przyczyny zgonu, podejrzenie błędu lekarskiego, itp.

Sama sekcja sądowo-lekarska składa się z dwóch części:

Oględziny zewnętrzne:

  • - zabezpieczenie śladów - w zależności od przypadku - prochu, krwi, włosów, lakieru itp.,
  • - opis odzieży,
  • - opis zmian urazowych,
  • - opis zmian chorobowych,
  • - opis znaków szczególnych - ważne zwłaszcza u osób niezidentyfikowanych,
  • - jeżeli jest to konieczne wykonanie dokumentacji fotograficznej.

Oględziny wewnętrzne:

  • - otwarcie trzech jam ciała - czaszki, klatki piersiowej, jamy brzusznej,
  • - opis narządów wewnętrznych - zmiany urazowe i chorobowe,
  • - jeżeli jest to konieczne wykonanie dokumentacji fotograficznej.

Równie ważne jest zarówno stwierdzenie występowania jakiegoś faktu, jak też odnotowanie jego braku.

Przeprowadzenie sekcji sądowo-lekarskiej wymaga bardzo dużej koncentracji, spokoju i skrupulatności. Wiele obserwacji można poczynić tylko jeden jedyny raz a przeoczenie jakiegoś szczegółu może wpłynąć na całość obrazu. Dlatego zaleca się, aby przy szczególnie ciężkich przypadkach (np. zabójstwa) było obecnych dwóch lekarzy ze specjalizacją medycyny sądowej.

Istnieje wiele modyfikacja techniki sekcyjnej w zależności od konkretnego przypadku, jednakże ich opis wykracza poza ramy tego artykułu. Może w przyszłości.